Σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο 400 τ.μ. ξεχωρίζουν οι δύο μοναδικές για την Κρήτη πισίνες με αναδυόμενο πυθμένα, ρυθμιζόμενη θερμοκρασία νερού ανάλογα με την πάθηση και την ηλικία κάθε ασθενή και αυτόματο σύστημα καθαρισμού. Στο χώρο της πισίνας πραγματοποιούνται προγράμματα εκγύμνασης στα πλαίσια της Ειδικής Φυσικής Αγωγής ατόμων με αναπηρίες από οξέα ή χρόνια νοσήματα (π.χ. αγγειακά εγκεφαλικά επεισόδια, κρανιοεγκεφαλικές κακώσεις, καρδιοαγγειακές παθήσεις, ρευματικές παθήσεις, παθήσεις μυοσκελετικού συστήματος, αθλητικές κακώσεις) καθώς και παιδιών άνω των πέντε ετών.

Στα πλαίσια του προγράμματος αποκατάστασης η Υδροθεραπεία:

• Βοηθάει στη μυϊκή χαλάρωση.
• Μειώνει την ευαισθησία στον πόνο και κατά συνέπεια προσφέρει ανακούφιση από τον πόνο.
• Μειώνει το μυϊκό σπασμό και την σπαστικότητα.
• Αυξάνει την ευκολία κίνησης της άρθρωσης βελτιώνοντας και διατηρώντας την τροχιά των δύσκαμπτων αρθρώσεων.
• Αυξάνει τη μυϊκή δύναμη.
• Βελτιώνει την περιφερική και λεμφική κυκλοφορία συμβάλλοντας έτσι στην απορρόφηση οιδημάτων και αιματωμάτων.
• Βελτιώνει την κιναισθησία του σώματος και την σταθερότητα του κορμού (ερεθίσματα οπτικά, ακουστικά, ιδιοδεκτικά, θερμότητας).
• Δίνει την δυνατότητα άσκησης σε τρεις διαστάσεις.
• Βελτιώνει το ηθικό και την αυτοπεποίθηση του ασθενή.

Ο χώρος της πισίνας αποτελείται από:

• Walking Bath, παράλληλες δοκοί βάδισης σε ειδική δεξαμενή με αυξομειούμενο ύψος πυθμένα
• Πισίνα ρυθμιζόμενης ανύψωσης
• Ειδικούς γερανούς με φορείο και ανοξείδωτη καρέκλα-φορείο

Το τμήμα υδροθεραπείας επίσης διαθέτει:

• Τετραπολικό δινόλουτρο
• Stanger «γαλβανικά λουτρά»